Er wordt gedacht dat voedselintoleranties kunnen worden veroorzaakt door een slechte kwaliteit van bacteriën in de darm. Dit kan leiden tot problemen met het verteren van het triggervoedsel en tot onaangename symptomen zoals een opgeblazen gevoel, gasvorming, diarree, buikpijn en misselijkheid. Er zijn aanwijzingen dat voedselallergieën ook verband kunnen houden met de gezondheid van de darmen.