Ondanks de voordelen voor sommige honden, zijn er nadelen aan het voeren van graanvrij hondenvoer. Veel mensen gaan ervan uit dat graanvrij koolhydraatarm betekent, maar dat is niet het geval. In feite zijn sommige hondenvoer zonder granen hoger in alternatieve koolhydraatbronnen zoals aardappelen en erwten. Dit kan leiden tot onbedoelde gewichtstoename.